Alexandra Instituttet A/S // Aktuelt // Nyheder // Nyheder 2017 // Vi skal udvikle open source software til MR-scannere for det amerikanske sundhedsdepartement

Vi skal udvikle open source software til MR-scannere for det amerikanske sundhedsdepartement

Artikel

09-04-2017

Vi skal udvikle open source software til MR-scannere for det amerikanske sundhedsdepartement

Alexandra Instituttet har vundet et udbud ved National Institutes of Health i USA på knap 1 million kr. til udvikling på open source-softwaren Gadgetron og ISMRM Raw Data.

To af Alexandra Instituttets forskere har fået til opgave at videreudvikle et åbent framework til beregning af billederne i en MR-scanner. Softwaren kan bruges til at udvikle og teste nye teknikker, der betyder hurtigere beregning, fleksible beregningsstrategier og en platform til at udvikle nye algoritmer til billedrekonstruktion.

I dag er computeren indbygget i en MR-scanner, og når den skal udskiftes, står scanneren stille. Det går både ud over patienten, lægen og radiografen. Med den nye software, kaldet Gadgetron, vil MR-scanneren bl.a. blive brugt i mindre tid pr. patient, da billederne bliver beregnet hurtigere og distribueret på computere andetsteds.

Computeren skal kunne læse data

Uafhængigheden mellem Gadgetron og scanneren gør det også muligt at opnå en bedre kvalitet af billeddata. Softwaren kan vælge blandt en større mængde billedrekonstruktionsalgoritmer, der kan bruges mere målrettet på det område, man ønsker at analysere. Det gør, at man kan prøve lidt forskelligt af på den rå data, og at der desuden blandt disse billedrekonstruktionsalgoritmer vil være nogle, der er bedre end standarden.

En MR-scanner er ligeledes bygget til, at det er mennesker, der skal kigge på de billeder, den genererer. Alexandra Instituttet vil gerne have, at det i stedet er computeren, der aflæser data.

Man har opdaget, at det giver god mening at arbejde med dette område, fordi du har data, du skal behandle med software og algoritmer. Men i stedet for at lade lægen kigge på billeder, kunne du lade computere kigge på billeder og hjælpe lægen med at vælge. Derved kan lægen nøjes med at kigge på fx 100 scanninger i stedet for 1000 scanninger, siger Morten Pol Engell-Nørregård, Computer Graphics Engineer ved Alexandra Instituttet. Det er et område, hvor man vil kunne spare helt fantastisk mange ressourcer. 

Nye algoritmer vil hurtigere blive taget i brug

Hele strukturen i at udvikle softwaren uafhængigt af scannerne sikrer også en større dynamik i MR-udviklingen. Det gør, at en ny algoritme hurtigere vil kunne tages i brug, end hvis den skulle leveres med scanneren. Derudover vil alle kunne bidrage til udviklingen af algoritmer, da Gadgetron er open source.

En anden fordel ved Gadgetron er, at den rå data lagres sammen med billedrekonstruktionen. Optagelserne skal derfor ikke tages om i de tilfælde, hvor data var ok, men rekonstruktionen dårlig. De rå data giver derfor mulighed for at foretage en komplet scanning igen – uden at patienten er til stede. Det giver samtidig mulighed for, at forskerne kan prøve en ny metode senere

Ens standard for lagring af data

For at Gadgetron-softwaren kan bruges på så mange MR-scannere som muligt, skal de data som scannerne leverer lagres på samme måde. Der findes et hav af forskellige producenter af MR-scannere, som lagrer deres data forskelligt og taler deres eget ”data-sprog”. ISMRM Raw Data (ISMRMRD) skal hjælpe med at sikre en ens standard at lagre rå MR-data på.

Derfor skal man snakke med de virksomheder, der laver MR-scannere og lave en standard for måden at lagre data på. På den måde vil vi kunne læse data fra så mange MR-scannere som muligt. Vi stræber derfor efter at få Gadgetron til at forstå alle eksisterende dataformater, siger Katrine Hommelhoff Jensen, Senior Computer Vision Graphics Specialist ved Alexandra Instituttet.

Begge specialister skal arbejde med udviklingen af Gadgetron og ISMRM Raw Data. Projektet vil potentielt blive til gavn for alle, der har og bruger en MR-scanner. Softwaren er open source og gratis. 

Profilbillede af Katrine Hommelhoff Jensen
Senior Computer Vision and Graphics Specialist
+45 26 28 27 98
Njalsgade 76, 3. sal,,
2300 København S
.